Секретариат по вопросам приграничного сотрудничества (ППС) учрежден в мае 2003 года по проекту Европейской Комиссии (ЕК) для работы в качестве центра услуг и координации в интересах стран и организаций, участвующих в Седеркопингском процессе.

Цель Секретариата состоит в оказании содействия Седеркопингскому процессу и осуществлении деятельности в интересах всех участвующих стран и партнеров, в частности путем укрепления роли западных Новых Независимых Государств как важных партнеров Европейского Союза в управлении нерегулярной миграцией и совершенствовании стандартов защиты для искателей убежища и беженцев в регионе.

Для достижения поставленной цели, Секретариат действует в качестве ресурсного центра для всех стран и организаций, участвующих в процессе. Секретариат предоставляет форум для дискуссий, экспертные услуги по вопросам управления убежищем и миграцией, содействует обмену опытом и информацией в этой сфере. Секретариат также публикует ежеквартальный информационный бюллетень и сборники материалов конференций.

Секретариат размещен в Киеве, в здании Регионального Представительства УВКБ ООН в Украине, Молдове и Беларуси.